Bảo tàng đã thực hiện xử lý và chế tác 1357 mẫu trên tổng số 2000 mẫu do Trung tâm Nghiên cứu Quản lý và Phát triển vùng duyên hải thuộc Trường Đại học Khoa học Huế trao tặng cuối năm 2016. Bộ mẫu này là kết quả nghiên cứu khoa học của các đề tài, dự án và quá trình giảng dạy của các giảng viên khoa Sinh học, trường ĐHKH Huế kể từ năm 1999. Kết quả định danh tên loài cho thấy 1357 mẫu cá thuộc 156 loài của 68 họ và 17 bộ, trong đó có 56 mẫu thuộc 6 loài cá ở phân hạng VU (Sẽ nguy cấp) và EN (Nguy cấp) thuộc Danh lục Sách Đỏ Việt Nam (phần Động vật, 2007). Dựa vào một số tiêu chí đề ra, Bảo tàng đã chọn 123 loài cá đẹp, quý hiếm phục vụ công tác trưng bày, giới thiệu.

Ngoài ra, Bảo tàng cũng đã phối hợp với Viện Hải Dương học Nha Trang xử lý, chế tác và trưng bày mẫu cá Mặt trăng đuôi nhọn quý hiếm - mẫu vật do ngư dân ở xã Hải Dương, huyện Hương Trà, tỉnh Thừa Thiên Huế trao tặng vào tháng 5/2018.